먼저 망리단길의 가장 큰 문제점은 젠트리피케이션 현상이다. 상권 이동 및 SNS 유행을 통해 단 기간에 급성장한 망리단길은 젠트리피케이션 현상도 급속도로 나타났다. 특히 2015~2016년 1년간 3.3㎡당 마포상권 순수 임대료 상승률은 망원동 21.1%로 합정동 16.6%, 상수동 6.49%로 망원동의 상승률이 두드러졌다.

다음으로 망리단길은 주요 골목이 단일 골목의 형태라는 점을 문제점으로 갖고 있다. 단일 골목 형태의 상권은 메인 골목에 상권이 집중되어 있고 세부 골목들은 상권이 충분히 형성되지 않는 형태이다. 골목 상권의 경우에는 단일 골목의 형태보다 방사형으로 골목 깊숙이 상권이 형성될 때 그 생명력이 길어진다. 그러나 망리단길의 경우는 1km가 좀 넘는 단일 골목에 다양한 업종이 집중되어 있어 업종 집중성이 떨어지고 이로 인해 망리단길 만의 고유한 느낌이 옅어지게 되었다.

마지막 문제점으로 이용객과 기존 주민간의 마찰 문제가 존재한다. 망리단길은 상권이 주택가로 이동하여 형성되었기 때문에 기존 주민들과 밀접한 상권이다. 그렇기에 주민들은 망리단길에서 생겨나는 문제들에 대해 민감할 수 밖에 없다. 망리단길 이용객들의 쓰레기 투척, 흡연 및 소음 공해는 기존 주민들에게 직접적으로 피해를 주고 있으며 이는 주민들에게 망리단길이 달갑지 않은 이유로 손꼽히고 있다.