고척돔에서 야구 경기나 음악공연이 개최될 시 많은 쓰레기가 배출된다. 녹색연합이 2024년 관람객 2,020명을 대상으로 실시한 설문 조사에 따르면, 응답자의 83%가 야구장 쓰레기 문제가 심각하다고 답했으며, 절반 이상(56%)은 쓰레기 분리배출이 어렵다고 호소했다는 데이터가 있다. 심지어 분리배출 없이 모든 쓰레기가 섞여서 버려지고 있는 중이다. 이에 따라 25년 5월 30일부터 야구장 내 매점에서는 다회용기를 사용하는 등 환경보호에 힘쓰려고 노력하고 있지만 매점 내 외부에서 사 오는 음식(플라스틱, 페트병, 비닐 등등)은 여전히 무분별하게 버려지고 있다.