1986년 광주시가 광역시로 승격됨에 따라 1993년부터는 전남지역 학생들의 광주지역 고등학교로의 진학이 불가능해졌다. 이때부터 초등학교 5,6학년이 되면 광주로 전학가거나 아예 이사를 가는 학생들이 부쩍 늘어나기 시작했다. 성적이 우수한 초등학생들의 전학은 나주지역 중등학교의 학력저하를 불러오는데서 그치지 않고 고등학교의 대학 입시 성적 하락으로 이어져 초등학생들의 전학을 더욱 부추기는 악순환으로 고착됐다.

2006년 하반기에 주택공사와 토지공사 등이 이전 대상 공공기관 임직원들을 대상으로 실시한 설문조사에서는 빛가람 혁신도시에 가족과 동반 이주하겠다는 응답이 18%에 불과했고, 그 원인으로 자녀 교육문제라는 응답이 57%로 가장 큰 비중을 차지했다.

혁신도시 조성으로 나주시는 전보다 훨씬 복잡하고 다양한 교육문제를 안고 있는 도시가 됐다. 우선 혁신도시에 교육열과 기대수준이 원도심 학부모들에 비해 훨씬 높은 수도권 출신의 학부모들이 이주해옴에 따라 교육열과 기대수준의 양극화 현상이 나타나고 있다. 면지역과 나주시내권은 학생 수 감소와 학교의 과소화 등 공동화 현상이 나타나고 있고, 혁신도시에서는 과밀화가 진행되고 있다. 그렇다고 혁신도시의 만족도가 높은 것도 아니다. 지난 연말 광주전남연구원이 혁신도시 주민 1,113명을 대상으로 한 정주여건 만족도 조사에서 58.4%가 교육여건에 대해 불만(불만족 37%, 매우불만족 21.4%)을 표시했다.